ניקולאי שפס־זניידר מופיע בקביעות כמנצח אורח עם התזמורות המובילות בעולם, בהן הסימפונית של שיקגו, תזמורת קליבלנד, הסימפונית של מונטראול, הסימפונית של במברג והפילהרמונית המלכותית של שטוקהולם. בספטמבר 2021 החל לכהן כמנהלה המוזיקלי של התזמורת הלאומית של ליון בצרפת. בעקבות הופעת הבכורה המוצלחת שלו בבית האופרה של דרזדן, שבה ניצח על "חליל הקסם" מאת מוצרט, הוזמן מיד לנצח שם על "אביר הוורד" מאת ר' שטראוס בסתיו 2019. מאז שב וניצח שם על "אביר הוורד" והופיע לראשונה באופרה הדנית המלכותית בנצחו על הפקה חדשה של "חליל הקסם". ניקולאי שפס־זניידר הוא גם כנר וירטואוז ששמו הולך לפניו כאחד הכנרים המובילים בעולם והוא מרבה להופיע כסולן וברסיטלים. יש לו קשר יציב עם התזמורת הסימפונית של לונדון, שעימה הירבה להופיע הן כמנצח והן כסולן. ביחד הקליטו את מכלול הקונצ'רטי לכינור מאת מוצרט, כשניקולאי שפס־זניידר מנגן כסולן ואף מנצח. הקלטותיו הרבות כוללות גם את הקונצ'רטו לכינור מאת נילסן עם אלן גילברט והפילהרמונית של ניו יורק ואת הקונצ'רטו של אלגר עם סר קולין דייוויס ותזמורת דרזדן, והקלטות עטורות פרסים של הקונצ'רטי מאת ברהמס וקורנגולד עם ולרי גרגייב והפילהרמונית של וינה, הקונצ'רטי מאת בטהובן ומנדלסון עם זובין מהטה והפילהרמונית הישראלית, הקונצ'רטו מס' 2 מאת פרוקופייב והקונצ'רטו של גלזונוב עם מריס ינסונס והתזמורת הסימפונית של רדיו בווריה, וכן די'וי'די' של הקונצ'רטו מאת מנדלסון עם ריקרדו שאיי ותזמורת הגוונדהאוס. הוא גם הקליט את כל יצירותיו של ברהמס לכינור ולפסנתר עם יפים ברונפמן. ניקולאי שפס־זניידר הוא תומך נלהב בדור הצעיר של כישרונות מוזיקליים ומשמש כנשיא תחרות נילסן, המתקיימת מדי שלוש שנים באודנזה שבדנמרק. ניקולאי שפס־זניידר מנגן בכינור גוארנריוס דל ג'זו (1741) שהיה שייך לקרייזלר, ומושאל לו לטווח ארוך בידי התיאטרון הדני המלכותי בסיוען הנדיב של קרנות ולקוס, קרן וילום וקרן קנוד הגארד.